Vào đầu năm 1314, em gái ruột của Joan, Blanche và chị dâu chồng Margaret đã bị kết tội ngoại tình với hai hiệp sĩ, theo lời khai của em gái chồng của họ, Isabella, trong vụ Tour de Nesle. Joan được cho đã biết về các vấn đề nhưng không khai, và bị quản thúc tại Dourdan do bị trừng phạt. Ban đầu, Joan tiếp tục phản đối vì mình bị oan, cũng như chồng bà, người đã từ chối thoái thác, và đến năm 1315 - do ảnh hưởng của mẹ và chồng bà - tên của bà đã bị xóa bởi Tóa án Paris, và bà được tha bổng.

Làm vương hậu

Sau cái chết của vị vua sơ sinh John I của Pháp, chồng bà trở thành Vua Philip V của Pháp. Vì vậy, Joan trở thành vương hậu. Bà đăng quang cùng chồng tại Reims vào ngày 9 tháng 1 năm 1317.

Nữ bá tước của Bourgogne và Artois

Cha của bà, Bá tước Bourgogne, mất năm 1302, và các tước hiệu của ông được thừa kế bởi người con trai hợp pháp duy nhất của ông, Robert. Sau khi Robert qua đời vào năm 1315, Hạt Bourgogne lại được thừa kế bởi Joan. Năm 1329, bà cũng được thừa kế Quận Artois của mẹ mình. Nhưng chỉ 1 năm sau, Joan qua đời.

Sau cái chết của chồng, Joan sống trong lãnh địa của chính mình. Philip V đã mất năm 1322, Joan trở thành góa phụ một cách nhanh chóng. Điều này đã khiến cho Joan nhận một nỗi đau không bao giờ nguôi ngoai, khiến Joan chìm vào cơn trầm cảm suốt đời. Sau khi em gái yêu quý của bà qua đời vào năm 1326, bà được cho là "đau buồn như chưa từng có trước đây".

Qua đời

Bà qua đời tại Roye-en-Artois, vào ngày 21 tháng 1 năm 1330 và được chôn cất tại Vương cung thánh đường Denis và được chôn cất bên cạnh chồng. Các tước hiệu của bà được thừa kế bởi con gái lớn của bà, Joan III, người đã kết hôn với Odo IV, Công tước xứ Bourgogne, vào năm 1318. Sau cái chết của Joan II, Quận và Danh hiệu Nữ bá tước của Bourgogne đã hợp nhất qua cuộc hôn nhân này. Các hạt Bourgogne và Artois cuối cùng đã được thừa kế bởi cô con gái nhỏ Margaret năm 1361.

Joan để lại điều khoản trong di chúc của bà cho việc thành lập một trường đại học ở Paris và được đặt tên là Collège de Bourgogne, "Burgundy College."